Ставить между <head> i </head> (на всех страницах сайта) <?if($USER_LOGGED_IN$)?><?if($UNREAD_PM$)?>
<script type="text/javascript">
window.onload = function StartPM() {_uWnd.alert('Здравствуйте, с момента вашего отсутствия на сайте вам было прислано новое персональное сообщение.<br> <a href=\'/index/14\'>[ Прочитать ]</a>','',{w:400,h:80,tm:5000});}
</script><bgsound src="http://s7.ucoz.net/img/fr/pm.wav" loop="1" volume="0" balance="0">
<?endif?><?endif?>
Этот код можно сунуть в любой скрипт оповещения о новом ЛС
<bgsound src="http://s7.ucoz.net/img/fr/pm.wav" loop="1" volume="0" balance="0">